W Piastowym grodzie, nad wielką rzeką, Ciebie przezornie zachował czas - dziś wszem zaświadczasz: Tu mówią wieki, a Twego światła cząstka i w nas. Jesteś nam w życiu pięknym przystankiem i drogowskazem w nieznany świat. Plurimos annos, Małachowianko, kwitnij kolejne wieleset lat! Jan Chojnacki (słowa pierwszej zwrotki oraz refrenu piesni "Plurimos Annos Małachowianko")

W 1970 roku, w 25 rocznicę wznowienia zajęć szkolnych po hitlerowskiej okupacji (18 luty 1945 r.), w niewielkiej, zabytkowej salce gmachu pojezuickiego, zorganizowano "Izbę Tradycji Liceum". Ekspozycja ograniczała się do najcenniejszych posiadanych pamiątek. Najdawniejsze czasy ilustrowały fotokopie dokumentów - np. dokumentu z 1249 r. i inne publikacje: "Monografia Płocka" - ks. bp A. Nowowiejskiego z 1931 roku, a przede wszystkim "Historia Szkoły" pióra ks. T. Żebrowskiego do 1773 r. i St. Kostaneckiego do 1945 r., nowsze świadectwa, dokumenty uczniów i nauczycieli, zdjęcia, szkolny dzwonek z 1844 r. i inne. O dwudziestoleciu międzywojennym świadczyły dokumenty, zdjęcia i dwa ocalałe sztandary: harcerski z 1920 r. i szkolny z 1931 r. Najnowsze czasy, od 1945 r. ilustrowały dokumenty: (w języku rosyjskim i polskim) z 1945 r. i późniejsze, prace uczniów, medale "Diligentiae" nowej generacji - nadawane najlepszym absolwentom od 1965 r., dyplomy przyznane Szkole, zdjęcia itp. W korytarzu, przyległym do sali ekspozycyjnej, otworzono "Galerię Wybitnych Wychowanków i Nauczycieli" (portrety olejne), a w 1973 r. w korytarzu prostopadłym do niej, "Galerię Olimpijczyków" - portretowe zdjęcia laureatów i finalistów Centralnych Eliminacji Olimpiad Przedmiotowych.

dniu jubileuszu 800-lecia Szkoły (7 maj 1980 r.), w obecności ówczesnego Przewodniczącego Rady Państwa, prof. dr Henryka Jabłońkiego, otwarto Muzeum Liceum Ogólnokształcącego im. Marszałka Stanisława Małachowskiego - spadkobiercy XII - wiecznej szkoły kolegiackiej. Zlokalizowano je w romańsko-gotyckiej ponawowej części kolegiaty, obok fundamentów XIII i XIV-wiecznych absyd i XV-wiecznej wieży. W takiej archeologicznej scenerii, w gablotach wystawowych i na postumentach eksponowane są pamiątki z przeszłości Szkoły, część ekspozycji jest wymienna. Częstotliwość zmian jest większa w przypadku czasów nowych, gdyż Szkoła dysponuje bogatym zbiorem pamiątek z bieżących lat. Oddają one różne formy pracy nauczycieli: dydaktyczną, społeczno-polityczną, związkową, samokształceniową, popularyzatorską i uczniów. Poza dokumentami mówiącymi o wynikach nauczania, szeroko prezentowana jest działalność samokształceniowa (koła przedmiotowe i zainteresowań), samorządowa, wychowawcza, harcerstw i szkolnych organizacji społecznych, jak Spółdzielni Uczniowskiej, Polskiego Czerwonego Krzyża, Ligi Ochrony Przyrody, Ligi Obrony Kraju, a od połowy lat siedemdziesiątych szczególnie aktywnego Szkolnego Koła Polskiego Towarzystwa Turystyczno Krajoznawczego.

Działalność organizacji prezentują w Muzeum, poza dokumentami urzędowymi, także księgi protokółów, kroniki, dokumentacja prasowa, wydawnictwa, zdjęcia, pamiątki (jak plakietki, proporczyki, puchary, odznaczenia, medale, listy gratulacyjne, dyplomy) i pięć sztandarów (2 szkoły, 3 organizacji uczniowskich), które są pieczęcią wiarygodności historii.

Muzeum eksponuje także pomoce dydaktyczne, uczniowskie i szkolne. Są to podręczniki, zeszyty, opracowania naukowe, materiały piśmienne, jak np. tabliczki do pisania z przełomu XIX i XX wieku, ciekawa tablica szkolna (dwuczęściowa - dwustronna- podnoszona) i pomoce do poszczególnych przedmiotów nauczania: horyzontarium, telurium, busola Adrianowa, lampa Rentgena, wirownica, mikroskopy, zbiory owadów, wagi, mapy i inne.

Obecna ekspozycja liczy około 300 pozycji. To jednak nie wszystko. Wewnątrz i na zewnątrz obydwu starych gmachów znajdują się jeszcze inne dokumenty przeszłości. Jest 12 tablic pamiątkowych, z których dwie mają szczególną wymowę: pierwszą z 1921 roku poświęcono uczniom - żołnierzom, którzy zginęli w latach 1919 - 1920, drugą z 1964 r. - uczniom, absolwentom i nauczycielom - ofiarom II wojny światowej.

W 1985 r. uczestnicy XXX Centralnego Rajdu Turystów Zmotoryzowanych PTTK przekazali Muzeum 19 urn z ziemią z pól bitewnych Bolesława Krzywoustego z miejscowości: Białogard, Bytom, Bytoń, Fordon, Głogów, Kalisz, Kołobrzeg, Nakło, Piła, Poznań, Psie Pole, Purzyce, Rożan, Spicymierz, Świecie, Wyszogród, Wyrzysk, Złotów.

1988 r., na terenie przykolegiackim, gdzie jak wykazały badania, w odległych wiekach był cmentarz grzebalny, położono ogromny głaz z czerwonego granitu z Krzyżem i napisem "Ś. P. Mieszczanie Płocka, XII - XVII wiek". Tak rośnie bezcenny zbiór świadectw życia pokoleń.